今秀山县境，商周时期属巴国地，春秋时期属于巴国南疆之域。乾隆元年（1736年）以邑梅、平茶、石耶、地坝四洞疆域并割酉阳东南境石堤、打妖、宋农、晚森等土司据地，始置秀山县（县治今清溪场镇），因境内秀美山峰"高秀山"而得名。初隶黔彭厅，后废厅改隶四川省川东道酉阳直隶州，并于石堤设立巡检署。
  民国初，秀山县隶属川东道，民国2年（1913年），改石堤巡检署为分县。民国23年，于县境所建黔东苏区辖县境内清溪、龙凤、高秀、峻岭、钟灵、兰桥、九江、梅江、兴隆、雅江、平马、大板、永兴、里仁、保安、地坝（今莲花一带）、膏田、石堤等乡镇。同时，建立了枷档河（今属塘坳乡）、坝芒（今属隘口镇）、巴盘（今属清溪场镇）三个乡苏维埃政权。民国24年，秀山县隶属于第八行政督察区。民国28年，川康建设期成会提出以川、黔、湘、鄂4省边区48个县设置"青江省"，以秀山县城为省会的方案，并完成了法定审批手续，且已实施了建省的第一步工作，派驻了军队，修建了飞机场，后因内战而停止。民国38年4月，四川省第八行政督察区保安司令密电通知，为对付中国人民解放军进军四川和西南，以秀山、酉阳、黔江、彭水4县，建立川、湘、鄂边区绥靖公署。
  1949年11月7日，秀山解放。是月20日，建立了秀山县人民政府，隶西南区川东行政公署区涪陵专员公署。1950年1月23日，涪陵专区所辖之秀山、酉阳、黔江3县别置"川东酉阳区行政督察专员公署"，署治酉阳县城。秀山县随隶酉阳专署。1952年9月5日，撤销酉阳区行政督察专员公署，复并入涪陵区行政督察专员公署。秀山县亦改隶之。1983年4月4日，建立"秀山土家族苗族自治县"，原行政区域未变，自治县人民政府驻中和镇，仍隶属涪陵地区专员公署。
  1988年5月，经国务院批准，置黔江地区，秀山土家苗族自治县改隶黔江地区。1997年3月，秀山土家族苗族自治县随黔江地区改隶重庆市。2001年，撤黔江开发区后，秀山土家族苗族自治县隶属重庆市直管。
  2000年，秀山土家族苗族自治县辖中和、平凯、清溪场、石耶、洪安、石堤、龙池、溶溪、梅江9个镇；莲花、涌图、肖塘、官庄、红岩、迎凤、岑溪、中平、官桥、官舟、峨溶、龙贡、平马、雅江、海洋、大溪、保安、里仁、美萃、妙泉、宋农、涌洞、干川、川河、茅坡、膏田、玉屏、溪口、三合场、美沙、龙凤、塘坳、峻岭、孝溪、吏目、钟灵、中溪、兰桥、巴家、晏龙40个乡。　根据第五次人口普查数据：全县总人口507522人，其中各乡镇人口（人）： 中和镇 37076 平凯镇 12001 石耶镇 9021 洪安镇 12655 石堤镇 8893 龙池镇 15490 溶溪镇 16385 清溪场镇 12999 梅江镇 13987 官庄乡 14544 莲花乡 16402 涌图乡 17939 迎凤乡 10761 红岩乡 8793 肖塘乡 7815 中平乡 7518 官桥乡 8433 官舟乡 8367 岑溪乡 7473 龙贡乡 5778 雅江乡 13845 峨溶乡 11807 平马乡 7153 保安乡 8351 里仁乡 8804 大溪乡 8073 海洋乡 6834 宋农乡 7521 美萃乡 7698 妙泉乡 6671 干川乡 5180 涌洞乡 7588 川河乡 2919 茅坡乡 4517 溪口乡 7441 玉屏乡 8811 膏田乡 7111 龙凤乡 10419 塘坳乡 8839 孝溪乡 11080 峻岭乡 16211 三合场乡 13251 美沙乡 10643 钟灵乡 11829 兰桥乡 14104 吏目乡 11043 晏龙乡 6391 巴家乡 4468 中溪乡 6590　
  2001年7月2日，重庆市人民政府（渝府[2001]125号）批准同意秀山土家族苗族自治县将9个镇、40个乡调整为32个乡镇。调整后秀山县乡镇平均面积由调整前的50平方千米扩大至76.57平方千米，乡镇平均人口由调整前的12050人增至18452人：
  一、撤销22个乡：涌图、迎凤、红岩、肖塘、莲花、官桥、龙贡、美萃、川河、玉屏、茅坡、三合场、龙凤、美沙、吏目、中溪、晏龙、官庄、峨溶、雅江、峻岭、兰桥乡。
  二、新设置5个镇
  三、调整7镇6乡行政区域
  四、保留洪安、石堤2个镇和中平、岑溪、官舟、平马、海洋、大溪、保安、里仁、宋农、干川、孝溪、巴家等12个乡行政区域不变。